Para alterar o caminho dos sites favoritos do Internet Explorer a forma mais rápida e eficiente é alterando a chave de registro:

 HKEY CURRENT USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\User Shell Folders

Altere o conteúdo da chave Favorites de  %USERPROFILE%\Favoritos para o caminho da pasta onde queira armazenar do link´s favoritos, por exemplo d:\Favoitos

Não esqueça de criar antes a pasta.